Le gouvernement précise les conditions de prise en compte des subventions perçues pour le développement de la recherche dans le rapport d’assujettissement à taxe sur les salaires due par les jeunes entreprises innovantes.

Le dispositif « jeune entreprise innovante » (JEI) consiste en une exonération d’impôt sur les bénéfices pour celles créées jusqu’au 31-12-2023 (CGI art. 44 sexies A), de cotisation foncière des entreprises et de taxe foncière sur les propriétés bâties pour celles créées jusqu’au 31-12-2025 (CGI art. 1466 D et 1586 nonies), ainsi qu’en une exonération de cotisations sociales.

Rappelons que la taxe sur les salaires (TS) est due à raison des rémunérations versées par des personnes physiques ou morales qui ne sont pas assujetties à la TVA ou ne l’ont pas été sur 90 % au moins de leur chiffre d’affaires au titre de l’année précédant celle du paiement desdites rémunérations (CGI art. 231, 1). L’assiette de cette taxe est constituée par une partie des rémunérations versées, déterminées en appliquant à l’ensemble de ces rémunérations le rapport existant, au titre de cette même année, entre le chiffre d’affaires qui n’a pas été passible de la TVA et le chiffre d’affaires total, cette fraction étant dénommée « rapport d’assujettissement à la TS ». Les rémunérations versées par les employeurs dont le chiffre d’affaires réalisé au cours de l’année civile précédant le versement de ces rémunérations n’excède pas les limites prévues en matière de franchise en base de la TVA sont exonérées de TS. Le bénéfice de cette exonération s’applique donc aux JEI qui ne dégageraient aucun chiffre d’affaires dans leur phase d’amorçage.

Le rapport d’assujettissement à la TS doit être déterminé en inscrivant à son numérateur, le total des recettes et autres produits qui n’ont pas ouvert droit à déduction de la TVA et à son dénominateur, le total des recettes et autres produits, y compris ceux correspondant à des opérations qui n’entrent pas dans le champ d’application de la TVA. Les aides et subventions non imposables à la TVA sont prises en compte pour le calcul du rapport d’assujettissement à la TS, y compris lorsque le redevable dispose par ailleurs d’un droit à déduction intégral en matière de TVA (BOI-TPS-20-30 n° 160).

Toutefois, l’administration admet notamment que les subventions à caractère exceptionnel, c’est-à-dire les aides non répétitives, destinées à financer une dépense précise et dont le montant est accessoire (BOI-TPS-20-30 n° 163) ne soient pas prises en compte pour le calcul du rapport d’assujettissement à la TS. Sont considérées comme exceptionnelles les aides à caractère forfaitaire reçues à titre exceptionnel par des entreprises pour le développement de la recherche ou de l'innovation, y compris les abandons d'avances qui, lors de leur octroi, sont remboursables en cas de succès (BOI-TPS-20-30 n° 165). Il peut s’agir notamment des financements octroyés par des dispositifs européens (par exemple, Horizon Europe) ou nationaux (par exemple, le Programme d’investissements d’avenir, France 2030).

Or, en pratique, l’administration apprécie de manière variable le caractère accessoire du montant d’une subvention exceptionnelle, ce qui est source d’une insécurité juridique pour les JEI susceptibles d’être concernées.

À l’occasion d’une question parlementaire sur ce point, le ministre de l’Économie, des Finances et de la Souveraineté industrielle et numérique confirme que, quel que soit leur montant, les aides non répétitives perçues pour le développement de la recherche ou de l’innovation d’une opération déterminée par des JEI durant une phase de recherche n’ont pas à être prises en compte pour le calcul du rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires, sans qu’il soit besoin de s’interroger sur le caractère accessoire de ces sommes au regard des autres recettes de l’entreprise, c’est-à-dire indépendamment du chiffre d’affaires que ces JEI pourraient déjà réaliser dans leur phase de développement.

Rép. Midy : AN 12-3-2024 p. 1845 n° 10669

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